| Горчаков Сергей Евгеньевич | Первый заместитель директора Центра |
| Левин Лев Залманович | Руководитель Администрации президента Центра |
| Ложников Игорь Николаевич | Главный инженер Центра |
| Жукова Оксана Витальевна | Главный бухгалтер Центра |
|
Алексеева Ольга Анатольевна |
Заместитель директора – главный ученый секретарь |
| Бакрадзе Михаил Михайлович | Заместитель директора по химическим и материаловедческим исследованиям и технологиям |
| Бойко Сергей Иванович | Заместитель директора по безопасности и режиму |
| Власов Сергей Евгеньевич | Заместитель директора по стратегическим инфокоммуникационным и квантовым технологиям |
| Дворянинов Александр Иванович | Заместитель директора |
| Донник Ирина Михайловна | Заместитель директора по сельскохозяйственным наукам и технологиям |
| Егорычев Виктор Юрьевич | Заместитель директора по фундаментальным исследованиям |
| Журавлев Павел Анатольевич | Заместитель директора по инвестиционному развитию |
| Завестовская Ирина Николаевна | Заместитель директора по ядерной медицине |
| Ковалишин Алексей Анатольевич | Заместитель директора по ядерным технологиям |
| Королев Андрей Викторович | Заместитель директора по арктическим исследованиям |
| Марченков Никита Владимирович | Заместитель директора по проектам мегасайенс |
| Нарукавников Александр Вячеславович | Заместитель директора по экономике, финансам и цифровой трансформации |
| Нестерчук Юлия Николаевна | Заместитель директора по международному сотрудничеству |
| Онищенко Геннадий Григорьевич | Заместитель директора по технологиям биобезопасности |
| Патрушев Максим Владимирович | Заместитель директора по биологии и генетике |
| Пашали Александр Андреевич | Заместитель директора по инновационной деятельности |
| Песенко Валерий Николаевич | Заместитель директора по правовым и административным вопросам, и.о. заместителя директора по специальным проектам |
| Селищев Валерий Анатольевич | Заместитель директора по ядерной, радиационной безопасности и эксплуатации ресурсных центров |
| Соколов Алексей Анатольевич | Заместитель директора по микроэлектронике |
| Фирсов Максим Валерьевич | Заместитель директора по управлению федеральным имуществом |
| Чвалун Сергей Николаевич | и.о. заместителя директора по химическим технологиям |
| Яцишина Екатерина Борисовна | Заместитель директора по научной работе |